국가정보원은 지난 1961년 6월 중앙정보부란 이름으로 태어나 1981년1월 국가안전기획부로 명칭을 바꾸고, 1998년 국가정보원으로 다시 명칭을 변경해 1999년 국가정보원으로 출범하면서 오늘에 이른다. 
과거 중앙정보부는 정권보위기관이라는 오명을 받아왔으나 참여정부 출범이후 4대 권력기관의 통치권 보좌기능 포기와 원장의 대통령 ‘주례 독대보고 제도’를 폐지하는 등 그간의 오명을 벗고 국민의 정보기관으로 거듭나기 위한 혁신에 노력을 기울이고 있다. 
문민정부 시절부터 시작된 혁신은 국민의 정부를 거치면서 참여정부 들어서 더욱 본격화해, 초기에는 조직과 인적 재편 등 하드웨어적인 개혁 토대 마련에 중점을 두었으나, 지난해 ‘국정원 비전 2005’를 수립하는 등 중장기 발전전략을 수립하고 혁신에 박차를 가하고 있다.
일련의 노력으로 국정원은 순수정보기관으로 거듭나기 위한 토대를 마련하고, 간부정원을 감축하고 실무인력으로 전환하는 등 구조조정으로 조직효율성을 제고했다. 또한 정치사찰 등 정치와 권력에 불개입함으로서 탈정치·탈권력화를 실현했으며, 국가사이버안전센터와 테러정보통합센터 운영 등 테러대응 체계를 확립해 산업스파이 적발 등 국익수호에 매진하고 있다.
국정원은 참여정부 이후 국적세탁 직파간첩 정경학 등 간첩 10명을 검거 사법처리하는 등 본연의 임무에 충실하면서 7,469건의 해킹·바이러스 사고를 탐지·복구했으며, 산업스파이를 적발함으로서 82조에 달하는 국부유출을 방지했다.
한편으로 이미지 개선을 위한 노력으로 1994년 ‘국정원 과거사발전위’를 발족해 ‘김형욱 실종사건’ 등을 조사하고 있으며, 국민들에게 원의 업무를 소개하고 국가안보의 중요성을 알리기 위해 1999년 안보전시관을 개관·운영하고 있다. 또 자체 워크숍과 각종 토론회 개최, 각 분야 명사 초청특강, 인터넷 토론방 운영 등이 활성화되고 있으며, 혁신담당관을 신설해 혁신추진위 가동과 각종 혁신교육 참가 등 혁신을 제도화 하고 있다.
국정원은 국익과 안보에 전념하는 ‘정보기관다운 정보기관’ ‘국민의 신뢰와 사랑을 받는 정보기관’이 될 수 있도록 자체 혁신과 대 국민 정보서비스 강화에 진력할 것을 목표로 최선을 다하고 있다.